Enquanto estabelecimento de beneficência pública, e destinava-se a receber, recolher e educar os expostos e órfão do distrito de Beja, de ambos os sexos, de modo a prestar-lhes instrução primária, o ensino da doutrina cristã e de aprendizagem de ofícios.
Durante vários anos a gestão da Casa Pia passou por vários ministérios, vendo alterados os seus estatutos e população alvo a quem se destinava inicialmente, extinguindo-se a assistência ao sexo feminino, aumentando a população masculina. Um episódio mais trágicos e que marcou esta instituição foi o violento incêndio, ocorrido a 2 de Abril de 1977.
A 5 de Outubro de 1983, a instituição é integrada orgânica e funcionalmente no Centro Regional de Segurança Social o Alentejo – Serviço sub-regional de Beja, após a celebração de um Protocolo estabelecido entre a Administração Distrital e o mesmo Centro Regional.
Dez anos depois é homologado por sua Exª o Secretário de Estado da Segurança Social, um acordo de gestão com a Casa do estudante de Beja, pelo qual se cede e esta instituição a gestão do estabelecimento da Casa Pia de Beja.
Em 31 de Julho de 1995 é homologado por sua Exª o Secretário de Estado da Segurança Social, um acordo de gestão com o Centro Infantil Coronel Sousa Tavares pelo qual cede a esta instituição a gestão da Casa Pia de Beja.
Atualmente, o acordo de gestão com o Centro Infantil Coronel Sousa Tavares ainda se mantem, podendo a Casa Pia de Beja acolher 38 criança/jovens do sexo masculino com idades entre os 12 e os 18 anos de idade.
